Die 1989 fand in Basel unter dem Titel „Männergeschichten“ die erste Ausstellung über schwules Leben in der Schweiz – statt. Im Zuge dieser Ausstellung wurde Homosexualität zum ersten Mal in der Schweiz von den Medien aufgenommen und breit thematisiert. Mit dem finanziellen Überschuss der Ausstellung wurde die Stiftung Stonewall im Dezember 1989 gegründet. Sie ist die erste homosexuelle Stiftung der Schweiz. Durch den Stiftungssitz in Basel gilt das Stiftungsrecht des Kantons Basel-Stadt.

Der Name „Stonewall“ wurde in Anlehnung an den Stonewall-Aufstand gewählt. Dieser fand in den frühen Morgenstunden des 28. Juni 1969 in der Bar Stonewall Inn in der New Yorker Christopher Street statt. Zu dieser Zeit führte die Polizei immer wieder gewalttätige und diskriminierende Razzien in Bars und Clubs mit homosexuellem Zielpublikum durch. Zum ersten Mal in der Geschichte wehrten sich an diesem Tag Schwule, Lesben, Bi- und Transsexuelle in der Bar Stonewall offen gegen diese Repressalien. Es kam in der Folge zu tagelangen Straßenschlachten zwischen Homosexuellen und der Polizei. Dieser Moment gilt als der Anfang der modernen Schwulenbewegung.

Vor 40 Jahren haben sich Schwule und Lesben zum ersten Mal gewehrt. Die Stiftung Stonewall setzt sich seit 20 Jahren in der Schweiz für schwule und lesbische Anliegen ein.